Затем поставим галочку напротив «Trace in Memory» в иконке «CIHBS».

Обработка результатов

Цель работы:

Знакомство с компьютерной программкой «PROTEIN 3D» и ее внедрение для анализа белковых структур.

Описание компьютерной программки «Protein 3D»

Компьютерная программка «Protein 3D» (Визуализатор надмолекулярных биоструктур «Protein 3D») является одним из таких визуализаторов, созданных для просмотра файлов в формате PDB. Кроме разных и принятых форм рендеринга, в программке реализованы Затем поставим галочку напротив «Trace in Memory» в иконке «CIHBS». представления о системах сопряженных ионно-водородных связей, которые делают ее в собственном роде уникальной и полезно для исследования студентами.

Учебное задание №1.

На белоснежном фоне в форме представления Atoms 1 (иконка Render) с качеством Best Quality в формате .jpeg и создают запись рисунки в файл и при помощи Windows инспектируют Затем поставим галочку напротив «Trace in Memory» в иконке «CIHBS». качество записи.

С помощью иконки «file» открываем файл «4HHB.PDB»

Содержание всех команд, представленных в иконке File, показано на рис. 1.

Рис. 1. Команды, записанные в иконке File.

При помощи иконки «Render» меняем форму представления структуры анализируемого объекта на «atom 1».

В иконке Render содержатся команды, обеспечивающие разные формы представления (рендеринга) структуры анализируемых Затем поставим галочку напротив «Trace in Memory» в иконке «CIHBS». объектов. Мы проведем разбор этих форм на белках.

Рис 2. Содержание команд иконки «Render».

3) Меняем качество рисунка на «Best quality» во вкладке «JPEG File quality» в иконке «File».

Сохраняем итог в формате «jpeg» с помощью иконки «File».

Учебное задание 2.

Записать выделенные в субъединице гемоглобина ССИВС в текстовый файл и проверить наличие Затем поставим галочку напротив «Trace in Memory» в иконке «CIHBS». записи в файл. Студенты все делают предложенное задание. В итоге должен быть записан текстовый файл с заглавием 4HHB.txt.

Для начала поставим во вкладке «Select bond types» иконки «CIHBS» галочку на против «Show all».

Иконка CIHBS (сокращение от Conjugated Ionic-Hydrogen Bonвs Systems - Системы Сопряженных Ионно-Водородных Затем поставим галочку напротив «Trace in Memory» в иконке «CIHBS». связей – ССИВС) содержит ряд разработанных специально команд для работы с этими системами.

Рис 4. Команды иконки CIHBS.

Команды «Скрыть атомы в ССИВС» (Hide atoms in CIHB mode) и «Притемнить неактивные ССИВС» (Darken inactive CIHB) отмечены красноватыми кружками. В программке они являются установленными заблаговременно и созданы для улучшения восприятия выделяемых в анализируемой Затем поставим галочку напротив «Trace in Memory» в иконке «CIHBS». структуре. ССИВС. Так, в отсутствие команды «Hide atoms in CIHB mode», ряд атомов, сначала атомы углерода боковых цепей, делают дополнительный «шум» и затрудняют просмотр ССИВС. Включение этой команды значительно улучшает восприятие ССИВС.

Команды «Обозначить активированные ССИВС» («Sign activated CIHBS») и «Показать связи ССИВС» («Show CIHBS links»). Для анализа ССИВС принципиально знать Затем поставим галочку напротив «Trace in Memory» в иконке «CIHBS»., меж какими атомами такие связи образовались. Эта информация реализуется при помощи команд «Sign activated CIHBS» («Обозначить активированные ССИВС») и «Show CIHBS links» («Показать связи ССИВС»).

Потом поставим галочку напротив «Trace in Memory» в иконке «CIHBS».

Эта установка позволяет в предстоящем производит запись инфы в текстовый файл.


zav-kafedroj-detskih-boleznej.html
zav-kafedroj-kv-pisarenko.html
zav-kafedroj-pravovedeniya.html